در واقع گنبد خانه نقطه مركزي مجموعه است كه چهار نماي خارجي ان به وسيلخ بناهاي پيرامون پوشيده است. ساختار اين بنا شامل چهار سه كنج، دو اتاق كوچك،چهار طاق نماي پر هشت ضلعي است و سطح زير گنبد آن با كاربندي هاي بسيار خشمگير مزين گرديده است. احتمال دارد اين اتاق ها در طول قرون به صورت چله خانه مورد استفاده بوده است. گويا ورودي هاي شمالي، جنوبي و شرقي به عنوان درگاه هاي اصلي محسوب مي شده كه وجود گچبريهاي اطراف درگاه غربي اين ادعا را به اثبات مي رساند به احتمال بسيار در گذشته محرابي در ضلع جنوبي ان وجود داشته و در حال حاضر جاي خود را به دري چوبي داده است، به تعبيري ديگر دوراني كه ديگر فضاي داخلي گنبد خانه به عنوان مكان برگزاري نماز مورد استفاده قرار نمي گرفته دري چوبي جايگزين محراب ان شده است.
در چوبي مزبور و بقيه درهاي واقع در گنبد خانه متعلق به سده هشتم هجري است كه تنها ب روي يكي از انها تاريخ ساخت به صورت برجسته «733 ه.ق» وجود دارد. در شمالي گنبد خانه به داخل صحن محوطه جلو، و در سمت قبله به داخل صحن مسجد جامع نو و درهاي كوچكتر ديگر عر دو به داخل حجره هاي كوچك گشوده مي شود. سطوح ديواره ها و زير گنبد با طرحاي هندسي و موتيفهاي گياهي با زمينه هاي مختلف آبي رنگ در قابلهاي متفاوت تزئين شده كه از نظر سبك متعلق به سده هشتم هجري يا نيمه دوم قرن چهاردهم ميلادي است.

با اينكه تزئينات داخل گنبد خانه در تاريخ مزبور به اتمام رسيده احتمال دارد ازاره ان در همان دوران كاشي كاري شده باشد، اما در حال حاضر اثري از اين تزئينات نيست و جاي آنرا پوششي از گچ گرفته است، از سويي مي تواند اين مفهوم را القا نمايد، زماني كه كاشيهاي آن فرو ريخته به دلايلي مرمت انها ممكن نشده است.مسئله اي كه مانع برداشتن اين گچ ها شده است خطوط فراواني بود كه بصورت يادگاري و خاطره نويسي بر سطح ازاره نگاشته شده وبرخي از آنها از نظر تاريخي داراي اهميت شاياني است. به استناد تاريخ كتيبه زير گنبد اين بنا در سال 763 ه.ق مرمت شده و در دو كتيبه واقع در طرفين درگاه اصلي نام هنرمندان مرمتهاي گنبد خانه و نقاشيهاي فضاي داخلي در ميان دو دايره تزئيني آمده است. در طرف چپ نوشته شده است:

«عمل بتجديد هذه السقف استاد عبدالوهاب بنا غفرالله له»

 و در سمت راست درگاه اين عبارت ديده مي شود:

«عمل العبد الضعيف سلطانشاه نقاش غفرالله له»

سقف زير بقعه با قطار بندي حاوي اشكال مثلثي است كه با خطوط معقلي «بنايي» عبارت مباركه «لاالهالله و محمد رسول الله» به صورت تكرار آراسته شده است.در ديوار جنوبي گنبد خانه در دو دايره سوره اخلاص «قل هو الله» به قلم زيباي ثلث به روش بديعي رسم شده كه دايره مزبور شامل يك هشت ضلعي است و نقش ستاره ايراني در ميان ان ايجاد گرديده است.
پيرامون آن نيز سوره اخلاص ديده مي شود. اطراف كلمات اين سوره را خطي مدور به رنگ قهوه اي فرا گرفته و محاط آن داراي تزئينات خاصي است كه اين عناصر به صورت مجموعه داخل قابي ايجاد شده است. بر ضلع شرقي و غربي فضاي داخلي نيز دو دايره با نقوش بسيار زيبا با كتيبه اي به خط كوفي مشاهده مي شود. در يكي از فيلپوشها عبارت «الملك لله» به خط كوفي بسيار زيبا در بين نوار بسيار باريك و در حاشيه قوي آن نوشته شده ودر زير آن ترنج و در اطراف آن هاله اي از نقوش گياهي ترسيم گرديده است. قوس مزبور همراه با كتيبه اين قسمت در زير طاق نيز ادامه يافته و پوشش سقف ان تواماً داراي تزئينات و عبارات عربي است. از جمله تزئينات نقاشي اين مكان شمسه هايي است كه به صورت منفرد در قابلهاي چهار ضلعي و با فرم نقشهاي پر كننده قرار گرفته اند. در حاشيه عمودي اين عناصر تزئيني نقوش هندسي لوزي شكل پديد امده كه اين اشكال بر روي هم قرار گرفته و با رنگهاي متنوع جلوه خاصي به گنبدخانه داده است.
از ديگر نقاشيهاي گنبدخانه، نقش گلداني پر از گل است كه بر بالاي آن نقش محرابي شكل ايجاد شده و در ميان قابي مربع مشاهده مي شود. بر روي اين قاب تعدادي دست نوشته و يادگاري در نقاطي كه نقاشي نشده نوشته شده است. كيفيت هنري نقاشي هاي گنبد خانه مؤيد يكنواخت بودن سبك و شيوه آن دارد كه در يك زمان معين به منصه ظهور رسيده است.
بخش ديگر از تزئينات گنبد خانه به رسمي بندي سقف اختصاص دارد كه نماي مياني از يك ستاره كوچك شروع شده و اطراف آن نز ستاره هاي شش ضلعي به صورت بر جسته ايجاد گرديده است. مجموع آن ستاره اي وسيع به فرم چند ضلعي به وجود آورده است. راس اين ستاره ها به اطراف پراكنده شده و قوسهاي بسيار زيبائي از آن پديد آمده است. در ميان هر يك از اين قوسها به فرم مثلثي با خط معقلي «بنايي» به صورت مكرر نوشته شده: «محمد رسول الله». يكي ديگر از كتيبه هاي گنبد خانه به رنگ سفيد بر زمينه لاجوردي بوده و اطراف ان گنبد خانه به رنگ سفيد بر زمينه لاجوردي بوده و اطراف آن مملو از آرايه هاي تزئيني و مضمون آن حديثي است منقول از حضرت رسول اكرم «ص»:
«قال النبي صلي الله عليه و سلم، الدنيا ساعه فاجعلها صدق و طاعه الله» مهمترين كتيبه گنبد خانه در حاشيه بخش فوقاني بنا و در ذيل نوشته اي قرآني ديده مي شود كه اين كتيبه و نگاشته زيرين آن در يك نوار پهن پيرامون گنبد خانه را فرا گرفته است. اين نوشته اطلاعات معتبر و مهمي را از دوره هاي اين بنا ارائه مي نمايد:
«ذكر الله اعلمي و التقديم احق واحد[…] بيوم الاخر و قال النبي ]عليه اسلام[ : بعثت لهذه الامه علي رأس كل مائه سنه من يجددلها بنيان الدين چون به حكم اين دو نقل صحيح و نص صريح توفيق احيا مراسم بقاع ارباب خيرات و باغ اصحاب و فوركريم «كذ» و كرامات درباره بنده ضعيف ابي الحسين محمد بن محمد بن ابي كرت و وقفه الله تعالي لما يحب و يرض بتحقيق پيوست بتجديد عمارت اين قبه فلك اساسها بها كه تشييد. قواعد و ابتناء ان باسم و رسم مجاور آن تربت حضرت وارث تخت ولايت احمد بوالحسين پيشواي هر دو گيتي رهنما «ي» انس و جان زيدت يعني فضائله قدساً في عهد دولت قطب افلاك الهدي بحر فائل و العلي بن مظهر منقوم احمد و هو الحمد. قومه فهم خيار و هم خير المعشر قدر […] كان باني اصل ملك الوردي قيماً متولي سنجر در شوال مضي من هجره لام و جيم بعد خاء بتلطف … حدوث يافته بود اشارت نمود في شهود سنه ثلاث و ستين و سبعمائه»

تاريخ بناي گنبدخانه
چنانكه در سطور پيشين اشاره شده شيخ احمد پس از رياضتهاي متوالي در كوههاي نامق ترشيز و كوهسار آرام « يزد » پس از اينكه اجازه ارشاد يافت به سوي « معد آباد » رهسپارگرديد و در آنجا خانقاهي براي مريدان خويش بر پا كرد و اين منطقه را از افكارش متأثر ساخت . تا اينكه سرانجام پس از وفات ،‌اين عارف گرانقدر را در كنار همان خانقاه به خاك سپردند.
بنا بر اين به استناد شواهد معماري و بررسي هاي انجام يافته توسط « دفتر فني خراسان » بر روي گنبد خانه و اجزاء و عناصر آن در صورتيكه اين بنا در ابتدا ساختمان منفردي بوده و بعهد بر اثر ادارات به شيخ ابنيه اي چند پيرامون آن افزوده شد ميتواند مؤيد اين نظريه باشد ،‌بناي گنبد خانه فعلي بر روي شالوده هاي همان خانقاه بنا شده و يا توسعه يافته و انعكاسي از همان خانقاه است كه شيخ احمد در « معد آباد » بر پا ساخت . بناي گنبد خانه ابتدا در زمان ملك ركن الدين ابي بكر كات « متوفي 636 ه ق » از اعقاب سلطان سنجر سلجوقي در شوال سال 633 ه ق ساخته شده است ، « بنابر كتيبه : « كان باني اصل مالك الوري قيماَ متولي سنجر در شوال مضي من حجر لام و جيم بعد خاء …» وجود كاشيهاي فيروزه اي كتيبه دار به قلم ثلث در سر كنج هاي گنبد خانه متعلق به سده هفتم هجري اين ادعا را به اثبات مي رساند . پس از آن در زمان ابوالحسين محمد « مغز الدين 771-732 ه ق » ملك كرت و به امر « ابن مظهر » فرزند شيخ احمد اين تعميران ادامه مي يابد.» بر اساس متن كتابي كه مقارن با سلطنت شاهرخ تيموري به رشته تحرير در آمده « ملك غياث الدين محمد بن محمد بن محمد بن ابي بكر كرت » باني مرمتهاي اين بنا در سال 730 ه ق بوده است .
از طرفي غياث الدين كرت به سال 728 ه ق وفات نموده و اين طوري مي توان احتمال داد كه كار مرمت و افزودن تزئينات توسط وي آغاز گرديده و به اهتمام فرزندانش تا سال 733 ه ق « تاريخ موجود بر روي درب گنبدي خانه » و پس از آن ادامه يافته است . اين بنا به دليل نگهداري تعدادي قاليچه و قالي اهدائي به مزار به « خانه قاليها » معروف گشته است.