با تفحص و بررسي هايي كه پيرامون نحوه معماري مسجد كرماني بخصوص در قسمتهاي نور گير و طاق آن صورت گرفت. طرح داخلي مسجد بيش از پيش مشخص و آشكار گرديد، اين بررسيهاي نشان داد، گنبدي بزرگ به صورت روزنه دار چشمه مركزي را پوشش داده و چشمه هاي جانبي مشابه با سبك و سياق خوانچه پوش ايجاد شده است. علاوه بر آن چشمه هاي انتهايي بنا با نيم گنبدهايي كه در قسمت پشت مقرنس ها مخفي مانده اند و پوشش يافته است. اين اجزا تكامل و تحول خاصي در نحوه طاق زني در اين بنا را نشان مي دهد. با برش قسمتي از اندوده هاي گچي الحاقي بر سطح ديواره ها براي كارشناسان فن اين مسئله اثابت گرديد، گچبريهاي به سبك محراب و كتيبه پيرامون سطح فوقاني بنا در نبش طاقتها و تقسيمات داخلي امتداد يافته اما بقيه سطوح نيز به صورت ساده و صاف با گچ اندود شده است.
از طرفي بررسيهاي بيشتر به ويژه در كف مسجد نشان داد كه در اين قسمت سردابي قرار داشته است. پس از ورود به سرداب مربع شكل، سه تابوت در كنار هم مشاهده شد كه مي توانست به صورت موقت در اين مكان جاي گرفته باشد.

محراب
نفيس ترين عنصر تزئيني معماري اين بنا محراب گچبري شده مجلل و با شكوه آن است كه در دهانه مركزي رو به قبله ايجاد شده است . محراب نقطه توجهي است رمزي و اشاره به سوي پروردگار يكتا دارد . در اين ميان محراب مسجد كرماني از نظر تزئينات گچبري و كتيبه به اوج تكامل هنري خود رسيده است . به طوري كه تكرار نقشها و حواشي آن نمايشي از هنر آفريني استاد كار آن است . از ديدگاه ساختاري اين محراب از بخش هاي مختلفي شكل گرفته كه با تلفيق عناصر تزئيني همراه با متن كتيبة اين محراب چشم هر بيننده اي را نوازش مي دهد و روح روان او را آرامش مي بخشد.
اين اجزاء شامل قاب ،‌حاشيه ، زوار ، لچكي ، قوس طاقنما و سر ستون كوچك است . علاوه بر عناصر تزئيني و نگاره هاي بسيار جذاب كه بخشي از محراب مسجد كرماني را پوشش داده ،‌آيات قرآني نيز جلوه اي خاص از معنويت به آن بخشيده است . كتيبه اصلي در حاشيه محراب ايجاد شده و حاوي سوره مباركه ( فتح ) از ابتداي ( بسم الله الرحمن الرحيم ) به قلم شيواي نسخ است و تا قسمتي از آيه پنجم اين سوره ادامه مي يابد.
( بسم الله الرحمن الرحيم ، انا فتحنا لك فتحاَ مبينا ليغفرلك الله ما تفدم من ذنبك و ما تأخر و يتم نعمته عليك و يهديك صراطاَ مستقيماَ وينصرك الله نصراَ عزيزاَ هو الذي انزل السكنيه في قلوب المؤمنين ليزدادَ و ايماناَ مع ايمانه … و المؤمنات … )
همچنين كتيبه قرآني بخش قوس طاقنماي داخلي محراب شامل آيات نوراني 26 و 27 از سورة مباركه ( آل عمران ) و مشابه با سبك و سياق خطي است كه در نگارش كتيبه حاشيه محراب از آن استفاده شده است . اين آيات انحناء و پوشش طاقنما را در بر گرفته است:
( قل اللهم مالك الملك تؤتي الملك من تشاء تنزع الملك ممن تشاء و تعز من تشاء و تذل من تشاء بيدك الخيرانك علي كل شي قدير تولج اليل في النهار و تولج النهار في اليل و تخرج الحي من الميت و تخرج الميت من الحي و تزرق من تشاء بغير حساب)
علاوه بر آن كتيبه ، طاقنماي كوچك محراب آراسته به آيات 62 و 63 از سوره ( يونس ) است.
( اذلك خير نزلاَ ام شجره الزقوم انا جعلنا ها فتنه للظالمين)
گويا محراب و تزئينات گچبري آن با دستان هنرمند و ذوق هنري ( خواجه زكي ابن محمد بن مسعود كرماني ) بر پا شده كه نام وي در داخل طاقنماي بخش تحتاني طاق شمالي در سمت راست فرو رفتگي محراب به صورت ذيل مشاهده مي شود:
( عمل عبدالضعيف النحيف الراجي الي رحمه الله العزيز خواجو زكي بن محمد بن مسعود كرماني ) ( و تم هذه المحراب بعون الملك الوهاب في اوائل شهر … )
اين محراب در تركيب كلي از نظر اجزاء شباهت بسياري به محراب امام زاده ربيعه خاتون در اشتر جان اصفهان دارد كه در سال 708 ه ق ساخته شده است . بنا بر كتيبه موجود اين محراب توسط هنرمندي به نام ( مسعود كرماني ) امضا شده است . انمكان دارد اين شخص جذ زكي ابن محمد سازنده محراب مسجد كرماني باشد. به احتمال فراوان نام استاد محمد بر قابي در فضاي داخلي مسجد مي توانداشاره به پدر خواجه زكي باشد كه گچبري هاي داخل بنا را به انجام رسانيده است . با توجه به فاصله زماني ، نوع گچبري مجراب امام زاده ربيعه خاتون با مجراب مسجد كرماني دررتبه پايين تري قرار دارد.

قدمت محراب
علاوه بر وجود نام سازنده محراب در كتيبه آن زمان ايجاد اين اثر با شكوه به سبب از بين رفته بخشهاي مهمي از گچبري حاشيه محراب به درستي معلوم نيست، اما تنها موردي كه مي توانست به تاريخ گذاري نسبي آن كمك نمايد نمونه محراب ديگري بود كه در نماي بيروني مسجد كرماني به طرف سحن در اولين طاق سمت راست مجاور پايه هاي ايوان توسط كارشناسان ضمن لايه برداري ها و طمالعات مرمتي مجموعه پديدار شد.
گچبرهاي اين محراب تا حدود بسياري مشابه با تزئينات گچبري محراب داخل مسجد كرماني بود و از سوي ديگر نام (مسعود كرماني) در بخشي از آن ديده مي شد. مقابل نام پديد آورنده محراب تاريخ ساخت آن قرار داشت كه به دليل نبودن قطعات گچبري قرائت آن غير ممكن به نظر مي رسد. بعدها بر اثر كند و كاو و جستجوي بيشتر پيرامون محراب تعدادي از قطعات گچبري آشكار گرديد و در نتيجه تقريباً سال 728 يا 718 ه.ق تشخيص داده شد.
عبدالحميد مولوي تاريخ اين محراب به تصريح (اثني عشر و سبعمائه) (712 ه.ق) ذكر مي كند.