اين اثر كه در واقع آخرين بنا از ابنيه موجود در مجموعه معماري مزار شيخ احمد جام محسوب مي شود ،در كجاورت فضاي ورودي و جنب آب انبار قرار دارد . در پشت اين بنا نيز فضايي سبز ومشجر روبروي مزار شيخ جام واقع است . از ديدگاه معماري مسجد زير زميني مشتمل بر دو قسمت زمستاني و تابستاني است . مسجد زير زميني( زمستاني ) پايين تر از سطح معابر وگذرگاه ها است كه ساختار آن گوياي هويت و اصالت آن مي باشد.
قسمت بالاي اين فضا ،محدوده اي فاقد پوشش و تنها محل محل محرابي ساده در آن مشخص است . پيرامون اين فضا نيز با ايجاد ديوار چيني آجري محصورگرديده است . در ابتداي فضاي داخلي مسجد ،‌رشته پلكاني تعبيه شده است كه مستقيماَ به شبستان زير زميني مسجد منتهي مي گردد . شبستان فضايي مشتمل بر ششستونچهار ضلعي و قطور است و به كمك همين ستون ها پوشش فضايي داخل بنا نيز امكان پذير گرديده است . نقاطي از پوشش سقف مسجد به صورت گنبدي بوده كه اين گنبدها در ميان هر چهار ستون شكل گرفته است .
گويا پيش از اين شبستان مزبور فضاي كوچكتري را اشغال نموده و داراي چهار ستون بوده كه در دوره هاي بعد به فراخور نياز براي استفاده بيشتر از فضاي داخلي ،‌شبستان را گسترش داده و دو ستون به مجموع آنها اضافه نموده اند . شبستان در ابتدا محرابي ساده و طاق نماهايي نيز داشته كه بخشي از آن مسدود و طاق نماهاي جديدي به معماري آن افزوده شده است.